"قابلت الكثير من المشاكل، سواء داخل الكنيسة أو خارجها، لدرجة أنني قلت: ما ابتسامي غير لون من دموعي"، هكذا تحدث البابا شنودة الذي تحل ذكرى رحيله هذه الايام عن الاحداث التي وقعت بعد اعتلائه الكرسي البابوي منذ عام 1971
ومن اهم الاحداث التي بكي فيها البابا امام الشعب القبطي كانت في عام 2004 بسبب اعتقال بعض الشباب القبطي علي خلفية حادث السيدة وفاء قسطنطين وقام الامن وقتها بحملة اعتقالات عشوائية في صفوف الشباب الاقباط فغضب البابا شنودة مما حدث، وأعلن امتناعه عن إلقاء محاضرته الأسبوعية، وذهب للاعتكاف بدير الأنبا بيشوي بصحراء وادي النطرون فعاد البابا شنودة لمحاضرة الأربعاء يوم 22 ديسمبر ليجد جمعا غفيرا من الأقباط يهتف له ومرحبا بعودته، الأمر الذي جعل البابا لا يتمالك دموعه تأثرا من حفاوة الاستقبال من الشعب الذي لم يره منذ فترة، فقال لهم "لست الآن أنا موجودا معكم، وإنما أنتم في قلبي باستمرار، لقد عشت زماني كله في قلوبكم ومازلت أعيش"
المرة الثانية كانت بعد حادثة محرم بك عام 2005
في أكتوبر 2005، وزعت جهات، لا تزال غير معلومة، مسرحية مسيئة للإسلام، قيل إنها من إنتاج إحدى كنائس الإسكندرية، فحدثت حملة من بعض المواقع الإلكترونية والجرائد وبالأخص جريدة الأسبوع، التي يرأس تحريرها الكاتب مصطفى بكري، تشكو من هجوم الكنيسة على الإسلام. الأمر الذي اضطر البطريركية لإصدار بيان تدين فيه أي إساءة للإسلام.
لكن الأمر لم ينتهِ عند هذا، فاحتشدت مجموعة كبيرة أمام كنيسة السيدة العذراء بمحرم بك بالإسكندرية، وحاصرها وسط وجود المصلين بداخلها، واعتدوا على الكنيسة بإلقاء الطوب وزجاجات المولوتوف والهتافات العدائية، ونجح الأمن في منعهم من دخول الكنيسة، إلا أنه تم تدمير أكثر من عشرين من منازل ومحلات وصيدليات الأقباط ببعض المناطقة الشعبية ما بين الحرق والتدمير والسرقة.
كما أحرقوا جمعية الكتاب المقدس، ودمروا جمعية الملاك ميخائيل التابعة للكنيسة بالإسكندرية، بالإضافة لمهاجمة بعض الكنائس الإنجيلية، ككنيسة الإيمان والأخوة بالإسكندرية، وتحطيم مستشفى إيزيس التابعة للكنيسة، كما تم الاعتداء على راهبة بالسكين، وسجلت مجلة "الكرازة" الناطقة باسم الكنيسة القبطية 43 محضرا حررها الأقباط في النيابة أثناء تلك الفترة.
ذهب الأقباط للاجتماع الأسبوعي للبابا في 26 أكتوبر 2005، منتظرين منه تعليقا على ما جرى، فظل البابا يجيب عن الأسئلة كعادته دون التطرق للحادث، وفي ختام فقرة الأسئلة، قال "أنا شايف أسئلة كتيرة في موضوع الأحداث الأخيرة، شوفوا أيها الأخوة: في ذهني كلام كثير لأقوله وفي قلبي كلام أكثر من هذا، ولكني أفضل أن أصمت، وأنا أريد أن أصمت لكي يتكلم الله، وثقوا أن الله يسمع صوت صمتنا ويدرك كل معانيه وكل ما نعانيه"، وأستطاع البابا أن يغلب دموعه بالصمت قليلا، وانتقل لموضوع العظة وظل يتحدث عن إلقاء الهم على الله، ولكن هذه المرة غلبته دموعه حتى دخل في نوبة بكاء استمرت لدقائق أوقف فيها العظة قبل أن يستأنفها متماسكا.